2005 - 2011
Nova doba
V času t.i. »črne sezone«, februarja 2005, so starši izrazili veliko skrbi zaradi možnosti nadaljevanja njihovih otrok v prvih slovenskih ligah. Zaradi vseh težav, ki so pestile takratni klub, je tudi mladim grozil padec v nižje lige. Da bi se temu izognili, so entuziasti (Aleš Remih, Miloš Junkar, Darko Škerl), ki so bili že prej povezani s klubom, in starši ustanovili klub NK Bežigrad, ki bi mladim upom Olimpije omogočil nemoteno nadaljevanje sezone in obstanek v ligah. S tem so se strinjali tudi v upravnem odboru takratne Olimpije. Kljub velikim prizadevanjem pa so v izvršnem odboru NZS odločili, da v nižje lige degradirajo tako člane kot mlajše selekcije. Prvotno je bilo zamišljeno, da bi NK Bežigrad vključeval le mlade nogometaše Olimpije, zaradi degradacije in vseh težav starega kluba, pa se je začelo povsem novo poglavje, nov projekt, ki je v naslednjih petih letih tudi člansko Olimpijo popeljal nazaj v prvo ligo.
Začetki so bili težki. Večina mladih igralcev ni želela igrati v nižjih ligah, zaradi česar v prvem letu niso mogli zaigrati mladinci in kadeti. K sodelovanju pri sestavi članskega moštva so glavni akterji nove zgodbe povabili Primoža Gliho, ki je v klub pripeljal celo vrsto znanih imen slovenskega nogometa (Janez Pate, Zoran Ubavič, Nenad Podgajski, Ilija Kitič, Stane Komočar, Miran Pavlin in kasneje tudi Aleš Čeh, Mladen Rudonja, Amir Karič, Sebastjan Cimerotič …). Ti igralci so v prvem letu osvojili prvo mesto v peti ligi in kasneje uspešno nastopali v višjih ligah. V zgodbo so bili vključeni tudi najbolj zvesti navijači Green Dragonsi, ki so idejo o novem vzponu podpirali od samega začetka. Ne glede na to, da je moštvo prvo leto igralo v 5. ligi so redno obiskovali tekme doma in v gosteh in podpirali nogometaše do ponovnega prihoda v prvo ligo. Da je ideja prava, so dokazovali tudi dobri obiski tako na domačih kot gostujočih tekmah. V klubih proti katerim je ekipa igrala, verjetno še danes nimajo toliko obiska kot takrat.
Prehod v višje lige je bil hiter in v večji meri neproblematičen. V 5. ligi je ekipa le enkrat remizirala in dobila vsa ostala srečanja. Četrta liga je bila še manj problematična, ekipa ni izgubila niti enkrat. Kot član Akademske športne zveze Olimpija, je klub leta 2007 pridobili pravico do uporabe imena Olimpija in pričel nastopati pod imenom NK Olimpija Bežigrad. Že leto kasneje se je preimenoval v NK Olimpija Ljubljana. V tretji ligi je na trenerskem položaju Gliho, ki je odšel k Dravi na Ptuj, zamenjal Pate. V tem obdobju je bil odmeven tuid derbi v slovenskem pokalu proti Mariboru. Tekmo si je prek TV zaslonov ogledalo več gledalcev kot evroligaško tekmo istega večera. Dne 3.5.2009 je Olimpija v tekmi druge lige premagala Zagorje in se s tem uvrstila v prvo slovensko ligo.